Scrat yine asla ele geçiremediği meşe palamudunun ve bu sefer belki aşkın da peşindedir. Manny ve Ellie yavruları minik mamutun doğmasını beklemektedirler. Miskin Sid bulduğu dinozor yumurtalarından çıkan yavrularla kendine geçici bir aile kurar. Fakat bu evcilik oyunu Sid için pek de iyi olmayacaktır.

Kılıç dişli kaplan Diego da arkadaşlarıyla ilişkisinde çok yumuşak bir tavır sergileyip sergilemediğini sorgulamaktadır. Sid'i başına aldığı belalardan kurtarmak için çıktıkları yolculukta kendilerini birden gizemli bir yeraltı dünyasında bulan ekip, karşılaştıkları dinozorlar, aklını kaçırmış gibi duran değişik hayvan türleri, yeni bir bitki örtüsü ve tek gözlü, acımasız dinozor avcısı gelincik Buck ile heyecan dolu ve bir o kadar da eğlenceli bir maceranın ortasında kalırlar.